Фамилия Марголин — одна из тех, где за русским суффиксом скрывается совсем не русская основа. Её ядро — не славянское прозвище, а еврейское женское имя Маргалит, которое в переводе с иврита означает «жемчуг, жемчужина». В ашкеназском произношении это имя звучало как Маргулис, а в быту, в русскоязычной среде, его сократили до уменьшительной формы Марголя. Именно от неё и образовали фамилию, добавив типичный русский патронимический суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Марголи» или «из семьи Марголи».

Такая модель образования — от женского имени — встречается реже, чем от мужских имён, и указывает на то, что основатель рода, скорее всего, был известен по матери. В еврейской традиции это не редкость: фамилии по имени матери (матрилинейные) давали, если мать была уважаемой, имела хорошее приданое или рано овдовела и сама вела хозяйство.

Суффикс -ин в данном случае работает точно так же, как в фамилиях Ильин или Фомин, но корень уводит нас не в древнерусский календарь, а в библейскую и талмудическую культуру. Жемчуг в иудейской символике — образ мудрости, красоты и высокой ценности, поэтому имя Маргалит было желанным для дочерей.

Фамилия Марголин широко распространена среди евреев Восточной Европы, особенно на территориях бывшей черты оседлости — в Беларуси, Украине, Польше. В Российской империи её носители часто принадлежали к мещанскому или купеческому сословию, реже — к раввинским династиям. Окончательное место и время возникновения фамилии можно установить только по генеалогическим документам, но её лингвистическая прозрачность позволяет уверенно говорить о корнях: это памятник не столько европейской письменности, сколько живого контакта идиша, иврита и русского языка в повседневной жизни местечка.