Скорее всего, фамилия Марголин образована от еврейского женского имени Маргалит (в ашкеназском произношении — Маргулис), которое в буквальном переводе с иврита она имеет значение «жемчуг, жемчужина». Основой же для этой фамилии послужила русская уменьшительная форма этого имени — Марголя. Все это свидетельствует о том, что фамилия Марголин представляет собой замечательный памятник европейской письменности и культуры. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения фамилии Марголин можно лишь на основании генеалогических исследований.