Фамилия Марголит — редкий случай в русском ономастиконе: она не крестьянская, не дворянская по происхождению, а почти наверняка искусственная, семинарская. Её основа — греческое слово μαργαρίτης (маргаритес), то есть «жемчужина», «жемчуг». В латинском варианте это margarita, откуда и знакомое всем женское имя Маргарита. Фамилии, образованные от названий драгоценных камней и металлов (Алмазов, Сапфиров, Златовратов), в России давали в духовных училищах и семинариях, часто «в честь» какого-нибудь церковного понятия или праздника. Так Марголит мог получить либо сам семинарист, блеснувший успехами, либо его отец-священник, носивший фамилию, скажем, Попов — при поступлении сына её могли заменить на более благозвучную.

Суффикс -ит в русских фамилиях нетипичен. Обычно мы встречаем -ов, -ин, -ский. Окончание -ит встречается в заимствованных словах (минералы: малахит, лазурит), и семинарские фамилии нередко копировали эту модель, чтобы звучало «учёно» и по-гречески. Таким образом, Марголит — это не просто «жемчуг», а «жемчужина» или «жемчужный», с оттенком книжности.

Географически фамилия встречается редко, и её носители — почти всегда потомки духовенства, учителей, реже — выходцы из мещан, получивших фамилию при приписке к городу. В дореволюционных метрических книгах Марголитов можно встретить в центральных губерниях, особенно в Московской, Тверской, Ярославской — там, где были сильные семинарии. Важно не путать её с еврейской фамилией Марголис (Марголин), которая восходит к тому же греческому корню, но через идиш и иврит, и имеет другую историю бытования: Марголис — это вариант, распространённый в еврейской среде, а Марголит — почти исключительно русская семинарская фамилия.

Если ваш предок носил фамилию Марголит, с высокой вероятностью он был выпускником духовного училища или семинарии, а возможно — священником. Фамилия эта звучная, редкая и недвусмысленно указывает на среду своего происхождения.