Фамилия Маркотнов — одна из тех, где главная загадка скрыта в корне, а не в суффиксе. Окончание -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Маркотнов». Это значит, что в основе лежало личное имя или прозвище Маркотн (или Маркотна), которое и стало фамилией отца. Но что такое «Маркотн»?

Здесь возможны два основных пути, и первый из них — самый прямой. Маркотн — это мог быть вариант народной, разговорной формы имени Марк. В русской традиции имена часто укорачивали или «обкатывали» суффиксами: Марк — Марко — Маркот (с суффиксом -от, как в именах Ипат, Федот). Затем к основе «Маркот» добавили -н-, что в живой речи дало «Маркотный» (например, «сын Маркота»), а фамилия закрепилась в краткой притяжательной форме Маркотнов. По этой версии, предок носителя фамилии — человек по имени Марк, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно Маркот или Маркотка. Это простой и правдоподобный путь.

Вторая версия сложнее и интереснее. Она отталкивается от диалектного слова «маркотный» или «маркотно». В южнорусских и украинских говорах (особенно в курско-орловской зоне и на Кубани) «маркотно» означает «пасмурно, ненастно, тоскливо, скучно». Человек мог получить прозвище Маркотный — за угрюмый нрав, ворчливость или склонность к меланхолии. В таком случае фамилия Маркотнов — это «сын Маркотного». Прямых параллелей в словарях фамилий (например, у Унбегауна или Веселовского) фамилия Маркотнов не встречается, но модель «прозвище на -ный → фамилия на -ов» — абсолютно стандартна для русской ономастики (ср. Смирнов, Хитров, Умнов). Географически фамилия тяготеет к югу России: в современных базах данных носители Маркотновы чаще всего встречаются в Краснодарском крае и Ростовской области — как раз там, где слово «маркотно» в ходу.

Есть и третья, совсем маловероятная версия, которую иногда выдвигают из-за созвучия с «маркот» (старое название бархата или шелка). Но она не выдерживает критики: профессиональные прозвища от названий тканей обычно образовывали фамилии через суффиксы -ник (Маркотник) или -ев (Маркотов), а не через -н-.

Таким образом, самое вероятное объяснение: фамилия Маркотнов произошла от имени Марк через промежуточную форму Маркот. Если же ваш род происходит с юга России, особенно из Курской или Воронежской губерний, стоит присмотреться к версии о прозвище Маркотный — «угрюмый, ненастный». Обе гипотезы рабочие, и без знания точной местности бытования предков выбрать между ними сложно.