Фамилия Маркотова — женская форма фамилии Маркотов, и её стоит разбирать через мужской вариант. Сразу бросается в глаза необычная основа: «Маркот» звучит не как типичное русское имя или прозвище. Здесь возможны два основных пути происхождения, и второй выглядит убедительнее.

Самый простой, но маловероятный вариант — связь с церковным именем Марк. От Марка обычным путём образовались бы фамилии Марков, Маркин, Маркелов. Форма «Маркот» могла бы возникнуть как уменьшительное с суффиксом -от- (как Иван — Ивот, Пётр — Петрот), но такие модели в русской антропонимии редки и нехарактерны для распространённых имён. Скорее всего, корень другой.

Гораздо правдоподобнее, что в основе лежит прозвище или мирское имя Маркот, связанное с диалектным словом. В южнорусских и украинских говорах «маркотный» означает «хмурый», «угрюмый», «скучный». Человек с таким характером легко мог получить прозвище Маркот — «угрюмец», «нелюдим». Суффикс -ов- в фамилии Маркотов стандартно указывает на принадлежность: «сын Маркота». То есть фамилия пошла от прозвища родоначальника, которое описывало его нрав.

Третий, более редкий вариант — топонимический. На Кавказе есть населённые пункты с похожим корнем (например, Маркотх — горный хребет в Краснодарском крае). Однако фамилия Маркотов в русском контексте не привязана к Кавказу, и связь с адыгским названием хребта маловероятна для русского крестьянского рода.

Таким образом, предок современных Маркотовых, скорее всего, получил прозвище за свой невесёлый, замкнутый характер. Фамилия недворянская, типичная для крестьянской или мещанской среды центральной и южной России. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного прозвища, а не от массового имени.