Фамилия Маркотенко образована по одной из самых распространённых восточнославянских моделей — от имени или прозвища с помощью суффикса -енко. В украинской и белорусской традициях этот суффикс указывал на родство: «Маркотенко» буквально значит «сын Маркоты» или «потомок Маркоты».

Основа фамилии — мирское имя Маркота, которое восходит к белорусскому существительному «маркота» — «грусть, меланхолия». На первый взгляд, называть ребёнка «грустью» кажется странным, но в народной культуре такое имя-оберег было защитным механизмом. Родители, давая младенцу имя с «отрицательным» значением, верили, что злые силы не позарятся на ребёнка, а сам он вырастет счастливым и минует горя. В этом смысле Маркота — типичный случай охранительного имени, распространённого в белорусском и украинском быту.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с церковным именем Марк. В народной речи имя Марк могло приобрести уменьшительную или пренебрежительную форму Маркота, а уже от неё возникла фамилия с суффиксом -енко. Однако в пользу первой версии говорит то, что суффикс -ота в белорусских именах и прозвищах встречается именно у слов с абстрактным значением (ср. «журбота», «туга»).

Географически фамилия Маркотенко тяготеет к украинским и южно-белорусским землям. Суффикс -енко — один из самых характерных для украинской ономастики, но встречается и в белорусских фамилиях. По сословной принадлежности предки носителя фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или казачеству: именно в этих средах фамилии на -енко получили массовое распространение в XVI–XVII веках.

Таким образом, фамилия Маркотенко несёт в себе двойной смысл: внешне она указывает на родство с неким Маркотой, а внутренне — хранит древний оберег, пожелание счастливой судьбы, спрятанное за словом о печали.