Основой фамилии Маркотенко послужило мирское имя Маркота. Мирское имя Маркота берет начало от аналогичного белорусского существительного со значением «грусть, меланхолия». Так, нарекая младенца Маркотой, родные хотели, чтобы он прожил счастливую жизнь и не знал горя и печали. Поэтому Маркотенко буквально понималось как «сын Маркоты». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маркота, со временем получил фамилию Маркотенко.