Фамилия Маргянис — редкий для России пример фамилии, образованной от личного имени Маргянис. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу отбросить привычную русскую модель с суффиксами -ов, -ев или -ин. Здесь мы видим окончание -ис, которое характерно для литовских фамилий. В литовском языке суффикс -и́с (с ударением на последний слог) — один из самых распространённых патронимических показателей, аналогичный русскому -ов: он указывает на происхождение от отца или предка.

Основа фамилии — Маргя́н. Скорее всего, это вариант личного имени Марги́с (Márgis), которое, в свою очередь, восходит к литовскому слову margas — «пёстрый, разноцветный, узорчатый». В древней Литве такие имена давали не по внешности, а как оберег: считалось, что «пёстрое» имя отводит злых духов или подчёркивает яркую, необычную натуру человека. Таким образом, Маргянис буквально означает «сын Маргяна» или «потомок Пёстрого».

Географически фамилия почти наверняка привязана к Литве или к тем регионам России и Беларуси, где исторически жили литовцы (например, Калининградская область, западные районы Псковщины, часть Смоленщины). Встречается она и в Латвии, но там окончание -ис — тоже литуанизм, заимствованный из соседнего языка. В русской среде фамилию могли записывать с ударением на второй слог — Маргя́нис, хотя по-литовски ударение падает на последний: Маргяни́с.

Интересная деталь: в отличие от множества фамилий, которые со временем теряли связь с исходным словом, Маргянис прозрачна для литовского уха. Носитель фамилии мог происходить из семьи, где предок был ткачом или красильщиком (пёстрые ткани — margi audiniai), либо просто обладал пёстрыми волосами или веснушками. Но основная версия — именно патроним, а не прозвище по ремеслу. Если искать аналогию в русском языке, то Маргянис — это как Пестряков или Пестриков, только с литовским суффиксом и без привычного окончания.