Фамилия Мариночкин образована от женского имени Мариночка — уменьшительно-ласкательной формы имени Марина. Имя Марина восходит к латинскому «marinus», что значит «морской». Таким образом, в основе фамилии лежит не профессия и не прозвище, а имя, которое давали в честь святой.

Речь о святой мученице Марине Антиохийской, чьи мощи до 1204 года хранились в Константинополе, пока город не взяли крестоносцы. В западной церкви эту святую называют Маргаритой Антиохийской, ей посвящено множество храмов. День памяти — 30 июля. На Руси имя Марина было распространено, а форма Мариночка — ласковая, домашняя, именно такие имена в крестьянской среде часто становились основой для фамилий.

Фамилия построена по простой и типичной модели: к основе Мариночк- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Мариночки). Со временем потомок женщины по имени Мариночка получил фамилию Мариночкин. Это редкий случай, когда фамилия образована не от полного, а от именно уменьшительного имени, что говорит о тёплом, семейном прозвище, закрепившемся в официальном родовом имени.

Географически фамилия встречается нечасто, в основном в центральных и южных регионах России. В отличие от массовых фамилий вроде Маринин или Маринов, вариант с суффиксом -очк- сохраняет разговорный оттенок и указывает на конкретную женщину, которую в семье называли ласково.