Основой фамилии Марисенкова послужило имя Марис. В переводе с латинского оно означает «морской». Однако здесь есть важный поворот: фамилия могла быть метронимической, то есть образованной от женского имени Мариса. Такие фамилии редки — традиционно род велся по отцу, но в случае вдовства, болезни мужа или его долгой службы (времена рекрутских наборов длились 25 лет) главой семьи становилась женщина, и её имя закреплялось в фамилии потомков.

Имя Мариса — вариант имени Мария, распространённый в Венгрии, Словакии, Голландии и Польше. Судя по суффиксу -енко, фамилия имеет украинское или белорусское происхождение: такие модели типичны для этих земель. Вероятно, род Марисенко переехал в Россию, где фамилию русифицировали, добавив окончание -ова, характерное для женского варианта. Таким образом, фамилия Марисенкова закрепилась за потомками человека по имени Марис или Мариса, и её форма указывает на сложный путь — от южных и западных славянских территорий до русских земель.