Фамилия Маркаганов — редкая и структурно необычная для русского ономастикона. Если коротко: она образована от тюркского прозвища или имени Маркаган (Маркаган) с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов. В основе лежит сложное слово, которое стоит разобрать по частям.

Корень «марка» (или «марга») в тюркских языках может означать «пятно», «метка», «клеймо». Вторая часть — «ган» — распространённый тюркский аффикс, образующий имена и прозвища: буквально «имеющий», «обладающий». Таким образом, Маркаган — это человек с отметиной, с родимым пятном, либо тот, кто ставит метки (например, тавро на скот). В некоторых тюркских диалектах «марка» также связывается с понятием «цель», «мишень», и тогда прозвище могло относиться к меткому стрелку.

Суффикс -ов указывает, что фамилия формировалась в русской среде, скорее всего, в XVI–XVII веках, когда тюркские имена и прозвища активно адаптировались на Руси, особенно среди служилых людей, казачества или крещёных татар. Фамилия Маркаганов не встречается в дворянских родословных и не фиксируется в массовых списках крестьян центральной России — её ареал, вероятно, связан с Поволжьем, Приуральем или Сибирью, где тюркско-русские контакты были плотными.

Обратите внимание на написание: двойное «а» в корне (МаркАгАнов) — не опечатка, а отражение тюркского вокализма. Встречаются варианты Маркаганов и Маркаганнов, но с одним «н» в суффиксе — норма для русского языка: от основы на согласный. Если бы фамилия была Маркагановский, она указывала бы на географическое происхождение (из села Маркаганово), но форма на -ов типична для прямого прозвища отца.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Маркаев, Маркашев, Марканов — показывает, что основа «марка» в русской антропонимии встречается, но редко. Это не фамилия от крестильного имени (в святцах такого нет) и не от названия профессии вроде кузнеца или мельника. Маркаганов — один из тех «тёмных» случаев, когда за привычным русским окончанием стоит неочевидная степная история.