Фамилия Маркаганова — женская форма, а мужская — Маркаганов. Сразу бросается в глаза необычный суффикс -анов, который встречается реже, чем привычные -ов или -ев. Такое окончание часто указывает на восточное или тюркское происхождение основы. В русских фамилиях суффикс -анов характерен для тюркизированных фамилий, особенно распространённых среди татар, башкир и народов Кавказа. Он мог закрепиться в результате адаптации имени или прозвища через форму притяжательного прилагательного, где -ан выступал как компонент, родственный тюркскому аффиксу принадлежности.

Основа «Маркаган» почти наверняка восходит к личному имени или прозвищу. Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского имени Марка (или Мерке), которое в некоторых диалектах означает «метка», «знак» или «цель». С добавлением компонента -ган, который в тюркских языках образует причастия или имена деятеля, «Маркаган» могло означать «тот, кто ставит метку» или «меткий стрелок». В таком случае фамилия отражает не профессию, а личное качество или прозвище, данное человеку за ловкость или точность.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с топонимом. В Азербайджане и Дагестане встречаются населённые пункты с корнем «Марка» (например, село Марка в Ахтынском районе). Тогда Маркаганов — это выходец из такого места, а суффикс -ов просто русифицировал название. Однако для этой версии слабым местом является наличие -ан, которое нехарактерно для типичных русских топонимических фамилий (обычно было бы «Маркин» или «Марков»).

С точки зрения сословной принадлежности, фамилия Маркаганов не даёт прямых указаний на дворянство или крестьянство. Судя по модели образования, это скорее поздняя фамилия, которая могла оформиться в XIX веке у крещёных татар или народов Северного Кавказа, перешедших в православие. Встречается она преимущественно в регионах Поволжья и на юге России, что косвенно подтверждает тюркские корни. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в Астраханской и Саратовской губерниях, а также среди терских казаков.

Сравните с однокоренными фамилиями: Маркаев, Маркашев, Маркин. Все они образованы от той же основы «Марка», но разными суффиксами. Маркаганов стоит особняком из-за редкого форманта -ганов, который роднит её с фамилиями вроде Сармаганов или Аймаганов, где -ган явно тюркский. Таким образом, носитель фамилии Маркаганов почти наверняка имеет предка, носившего тюркское прозвище или имя, которое при русификации получило непривычную для русского уха, но исторически точную форму.