Фамилия Маркдорф — это «географическая» немецкая фамилия, указывающая на конкретное место происхождения её первого носителя. Она образована по типичной для немецкого языка модели: основа «Марк» (Mark) и компонент «-дорф» (-dorf, то есть «деревня», «селение»). Вместе это буквально означает «деревня Марк» или «селение у границы» (поскольку слово «Mark» могло обозначать не только имя собственное, но и пограничную территорию, марку).

Скорее всего, фамилию дали человеку, который переселился из населённого пункта с названием Маркдорф. Такие топонимы встречаются в немецкоязычных землях — например, в земле Шлезвиг-Гольштейн есть коммуна Маркдорф (Markdorf), хотя более известен одноимённый город в Баден-Вюртемберге. Выходец из такой местности, переехав в другой город, получал прозвище «Маркдорфер» или сразу «Маркдорф», которое затем закреплялось за его потомками.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: в немецких фамилиях на -dorf, -berg, -thal, -stein суффикс не несёт грамматической функции принадлежности, как русские -ов или -ин, а прямо указывает на тип поселения. Поэтому фамилия Маркдорф не склоняется по падежам в русском языке и остаётся неизменной.

В России и странах бывшего СССР эта фамилия встречается редко и, как правило, у потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в Поволжье и Причерноморье. В отличие от многих немецких фамилий, которые русифицировались (Марков, Дорфман), Маркдорф сохранил исходное написание, что говорит о сравнительно позднем появлении её носителей в русскоязычной среде или о стойкой традиции внутри общины.

Споров о происхождении корня «Марк» здесь почти нет: в данном контексте это либо топоним, либо указание на пограничное положение селения. Версия, что основа восходит к личному имени Марк (от латинского Marcus), менее вероятна — в таком случае фамилия скорее звучала бы как Марксдорф (деревня Марка). Так что перед нами типичный пример «адресной» фамилии, которая рассказывает не о занятии или внешности предка, а о том, откуда он был родом.