Фамилия Маркиленко — один из тех случаев, когда с первого взгляда понятна основа, но неочевидно, откуда взялся редкий суффикс. В русской и украинской ономастике суффикс -енко — типичный для восточной Украины, он означает «сын» или «потомок» (Маркиленко = потомок Маркила). Но вот само имя Маркил — большая редкость.

Скорее всего, в основе лежит каноническое имя Марк, которое в украинской народной традиции могло принять уменьшительную форму Маркило. Суффикс -ил(о) в украинских говорах придавал именам ласкательно-бытовой оттенок, иногда с оттенком просторечия. Таким образом, Маркиленко — это «сын Маркила», а Маркил, в свою очередь, — домашняя форма от Марк (от латинского Marcus, предположительно «посвящённый Марсу» или «молот»). Встречается также гипотеза, что основа — не имя, а прозвище Маркило, образованное от глагола «маркилять» (нечто вроде «медлить, возиться»), но эта версия слабее: прозвище с таким значением не дало бы устойчивой фамильной модели.

Географически фамилия почти наверняка родом из центральной или восточной Украины. В XIX веке носители Маркиленко встречались в Полтавской и Черниговской губерниях. Суффикс -енко здесь не просто фамильный — он указывает на казацкую или крестьянскую среду, где фамилии закрепились позже, чем у дворян, и часто образовывались от имён отца в бытовой форме.

Что отличает Маркиленко от более частых Марченко или Марковенко — именно редкая промежуточная ступень «Маркило». Такие формы почти не фиксируются в современных справочниках имён, поэтому фамилия сохранила след живой народной речи, где имя Марк «обросло» уменьшительным суффиксом, а потом — патронимическим. Если встретите Маркиленко за пределами Украины, скорее всего, это потомки переселенцев конца XIX — начала XX века.