Фамилия Маркилова — женская форма, а мужская — Маркилов. В её основе лежит имя, точнее, целых два, что делает разбор особенно интересным. Чаще всего фамилию связывают с крестильным именем Марк. Оно происходит от латинского Marcus — «молот» или, по другой версии, «посвящённый богу Марсу». От имени Марк в русском языке образовалось множество уменьшительных форм: Маркуша, Марка, Марко, а также Маркил. Последняя форма — не самая распространённая, но именно она и дала начало фамилии Маркилов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Маркила».

Однако есть и вторая, не менее вероятная версия. В старину на Руси бытовало имя Маркил, которое является народной формой канонического имени Маркелл. Маркелл — греческого происхождения, означает «воинственный». В святцах есть несколько святых с этим именем, поэтому оно было вполне употребительным. В этом случае фамилия Маркилов — это прямая отчества от имени Маркил, без промежуточной уменьшительной формы.

Таким образом, предок носительницы фамилии Маркилова мог зваться либо Маркилом (крестильное имя Маркелл), либо Маркилом как ласкательным вариантом от Марка. Оба варианта ведут к одному словообразовательному итогу. Фамилия эта не слишком распространена, но встречается в разных регионах России, что говорит о её древнем, ещё дофамильном происхождении, когда прозвища и отчества по именам были нормой. Интересно, что в некоторых говорах ударение могло падать на второй слог — Марки́лов, что подчёркивает местный колорит произношения.