Фамилия Маркосеенков — редкий пример того, как украинская или белорусская модель образования фамилии «прижилась» на русской почве. В её основе лежит крестильное имя Марк (от латинского Marcus — «молоток»), а цепочка преобразований выглядит так: Марк → Маркос → Маркосей → Маркосеенко → Маркосеенков. Ключевой элемент здесь — суффикс -енко, который в украинской и белорусской традиции означает «сын» или «потомок» (Маркосеенко — буквально «сын Маркоса»). Однако окончание -ов превращает типично украинскую фамилию в русифицированную форму: так переселенцы с юго-западных земель адаптировали своё родовое имя под северные говоры.

Интересна и сама промежуточная форма «Маркос». Она могла возникнуть двумя путями. Первый — от греческого варианта имени Марк (Μάρκος), который нередко использовался в церковной среде. Второй — через народное переосмысление: в некоторых говорах имя Марк «наращивали» окончанием -ос по аналогии с такими именами, как Николай → Николаос. Менее вероятна, но возможна версия, что «Маркос» — это прозвище, данное человеку, имевшему отношение к евангелисту Марку (например, служившему в храме, посвящённом этому святому).

По суффиксу -енков (а не просто -ов) можно определить, что фамилия закрепилась в регионах, где смешивались украинские и русские диалекты — прежде всего, на Слобожанщине (современные Харьковская, Сумская области России и Украины) и в южнорусских областях (Курская, Воронежская, Белгородская). Именно здесь фамилии на -енко часто получали дополнительное -ов, чтобы вписаться в систему русских отчеств.

Таким образом, обладатель фамилии Маркосеенков — потомок человека по имени Маркос (или Марк), чьи предки, скорее всего, были выходцами с территории современной Украины или Беларуси. Фамилия не указывает на конкретное сословие: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. В отличие от более распространённых Марковых или Марченко, эта форма встречается реже и сохраняет память о сложном пути имени через языки и диалекты.