Фамилия Маркосеенкова — нечастая и сразу обращает на себя внимание своим суффиксом. Это женская форма, а мужской вариант — Маркосеенков. В основе лежит имя Марк, но путь от имени до фамилии не прямой, а через патроним с редким суффиксом -еенк(о). Такая модель типична для украинской и южнорусской ономастики: суффикс -енко (или его вариант -еенко) означает «сын» или «потомок». В данном случае прибавлен ещё один суффикс -ов, что делает фамилию «двойной» по происхождению: Маркосеенков — это фактически «сын Маркосеенка», то есть потомок человека, которого звали Маркосеенко.

Исходное прозвище или отчество Маркосеенко, в свою очередь, образовано от имени Марк с добавлением суффикса -еенко. Марк — латинское имя, означающее «молот», в христианской традиции известно по апостолу и евангелисту Марку. В русских землях имя было распространено в среде духовенства и мещан, реже у крестьян. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть либо сыном человека по имени Марк (Маркосеенко), либо сам носил уменьшительно-отеческое прозвище Маркосеенко, которое затем закрепилось как фамилия.

Интересная деталь: написание с двумя «е» подряд — «Маркосеенков» — встречается реже, чем более привычное «Маркосенков» (с одним «е»). Двойное «е» может указывать на диалектное произношение или на документальную фиксацию в XIX веке, когда писцы старались передать растянутый звук. Встречается такая форма преимущественно в южных регионах России (Белгородская, Воронежская области) и на востоке Украины, где суффикс -енко особенно распространён.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывают на принадлежность к роду (Иванов — сын Ивана), фамилия Маркосеенкова сохраняет оттенок прозвищного происхождения: она могла возникнуть не от прямого отчества, а от уличного имени семьи. Это сближает её с такими фамилиями, как Данилеенко, Петреенко, хотя в целом модель Маркосеенков — редкая и не типичная для центральной России, где преобладали бы варианты Марков или Маркин. Так что носительница такой фамилии с большой вероятностью имеет предков из южнорусских или украинских земель, где фамилии на -енко были массовыми, а двойной суффикс лишь подчеркивал принадлежность к конкретной ветви рода.