Фамилия Марковкин — наглядный пример того, как живой разговорный язык перекроил исходное слово. В основе фамилии лежит не церковное, а мирское имя Морковка. Такие имена давали не в честь святого, а по названиям растений, животных или предметов обихода — часто с долей шутки или как оберег. Человек по прозвищу Морковка мог получить его за рыжий цвет волос, любовь к этому овощу или просто по народной традиции называть детей «огородными» именами (Репка, Свеколка, Лукерья — от «лук»).

Почему же мы пишем «Марковкин», а не «Морковкин»? Дело в фонетике. В центральных и южных русских говорах, где господствует аканье, безударное «о» произносится как «а». Когда имя Морковка звучало в быту как «Марковка», это произношение закрепилось на письме сначала в прозвище, а затем и в фамилии. Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Марковкин — сын Марковки (или Марковкина). По той же модели образованы фамилии Мишкин, Петькин, Васькин — от уменьшительных имён.

Фамилия сравнительно редкая. Встречается в основном в регионах, где исторически было распространено аканье: Московская, Калужская, Тульская, Рязанская области. В старых документах можно найти варианты написания через «о» — Морковкин, но современная норма закрепила «а» в первом слоге. Родственные фамилии — Марков, Марковский — имеют другую основу (от имени Марк), тогда как Марковкин уникален своим «овощным» корнем.