Основой фамилии Марковкин послужило мирское имя Морковка. Фамилия Марковкин образована от нецерковного имени Морковка (замена гласного «о» на «а» объясняется влиянием «акающих» говоров). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Морковка, со временем получил фамилию Марковкин.