Основой фамилии Марковкина послужило мирское имя Морковка. Фамилия Марковкина образована от нецерковного имени Морковка (замена гласного «о» на «а» объясняется влиянием «акающих» говоров). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Морковка, со временем получил фамилию Марковкина.