Фамилия Марковкина ведет начало от нецерковного имени Морковка. В древнерусской традиции такие «овощные» имена (Редька, Репа, Капуста) не были редкостью: их давали как обереги, чтобы отвести от ребенка сглаз или злые силы. Считалось, что имя, означающее что-то простое и обыденное, сделает его носителя незаметным для нечисти. Потомка человека по имени Морковка в итоге и записали как Марковкина.

Замена гласного «о» на «а» в корне — следствие влияния «акающих» говоров, характерных для южнорусских и среднерусских диалектов. Именно там, где произносили «марковка» вместо «морковка», фамилия и закрепилась в своей современной форме. В северных регионах, где «окают», фамилия могла бы писаться иначе, но до нас дошел именно акающий вариант.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Марковкина — буквально «дочь (или жена) Марковки». Сама же основа «Марковк-» возникла от имени Марковка, которое, в свою очередь, является производным от прозвища Морковка с заменой гласного. Таким образом, фамилия прошла двойную трансформацию: от мирского имени-оберега через диалектное произношение к фамильному суффиксу.

Сравните с однокоренными фамилиями: Морковкин, Морковкина, Марковкин. Все они образованы от одного корня, но различаются орфографией, закрепленной за разными ветвями рода. Если Морковкин — исходная, «окающая» форма, то Марковкина — результат аканья, которое в письменных документах стало нормой для конкретной семьи.

Сословная принадлежность носителей фамилии не фиксирована: в равной степени это могли быть крестьяне, мещане или однодворцы. Встречается фамилия преимущественно в регионах, где исторически преобладало акающее произношение: центральные области России, Поволжье, частично юг.