Фамилия Марковщиков — одна из тех, что прямо указывают на занятие предка. В её основе лежит прозвище Марковщик, а оно, в свою очередь, связано со словом «морковь». Замена корневого гласного «о» на «а» — «марковь» вместо «морковь» — типичное явление для «акающих» говоров, распространённых, например, в среднерусских и южнорусских областях. Так что фамилия эта не книжная, а живая, народная, родившаяся в речи.

Марковщиком называли человека, который имел дело с морковью: скорее всего, крестьянина, специализировавшегося на её выращивании, или торговца на рынке. В русской ономастике есть целый пласт фамилий, образованных по такой же модели: от названия ремесла или продукта с помощью суффикса -щик- (сравните: Мясников, Пирожников, Свечников). Суффикс -ов- в конце фамилии — стандартный патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок»: Марковщиков буквально — «сын Марковщика».

Интересно, что у этой фамилии есть и «двойник» — фамилия Морковщиков, где сохранилось исконное «о». Обе они восходят к одному корню, но Марковщиков закрепилась именно в той диалектной форме, которая была привычна в говоре конкретной местности. Это хороший пример того, как живое произношение влияло на письменную фиксацию фамилий: в документах записывали так, как слышали.

Фамилия редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, не упоминается в списках боярских или дворянских родов. Её носители — выходцы из крестьянской или мещанской среды, где прозвище по роду занятий переходило в фамилию естественным путём, без участия канцелярии и сословных привилегий. Встретить Марковщиковых можно в основном в регионах, где исторически было развито огородничество, — в центральных и южных областях России.