Фамилия Марковщиковы образована от прозвища Марковщик, и её корень не так прост, как кажется на первый взгляд. В основе лежит слово «морковь», где замена гласного «о» на «а» — «марковь» — результат влияния «акающих» говоров, распространённых в центральных и южных областях России. Суффикс «-щик» указывает на род занятий: так называли человека, который имел дело с морковью — скорее всего, торговца или огородника, выращивавшего её на продажу. Модель образования фамилии типична для русского ономастикона: от прозвища на «-щик» через суффикс принадлежности «-ов» возникла фамилия Марковщиков, а форма множественного числа «Марковщиковы» подчёркивает родовую принадлежность, то есть «чьи?» — из семьи Марковщикова.

Стоит отметить, что прозвища, связанные с овощами и ремёслами, были распространены в крестьянской среде, но фамилия Марковщиковы не получила широкого географического распространения. Она встречается в основном в центральных регионах России, что косвенно подтверждает её связь с акающими говорами. В отличие от более частых фамилий вроде Марков или Марковцев, модель с суффиксом «-щиков» встречается реже и указывает на конкретное, узкое ремесло. В ономастических трудах (например, в работах Б. Унбегауна) такая модель описывается как типичная для профессиональных прозвищ, но без привязки к какому-то одному сословию — носителями могли быть как крестьяне, так и посадские люди.

О точном времени возникновения фамилии судить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий шёл на протяжении нескольких веков, с XVI по XIX. Однако ясно, что Марковщиковы — это не случайное образование, а живое свидетельство того, как повседневный труд и особенности говора закреплялись в родовом имени.