Фамилия Маркштедер образована от аналогичного прозвища, которое предположительно восходит к двум основам: личному имени Марк (в переводе с латинского означает «молоток» или «слабый, вялый») и немецкому нарицательному Städer – «житель берега». Таким образом, фамилия может указывать на имя и на место жительства предка — близ некого водоёма.