Фамилия Маркухова — женская форма фамилии Маркухов, и её разумнее разбирать через мужской вариант. В основе лежит имя Марк, но не напрямую, а через просторечную, «домашнюю» форму Маркуха. В русской народной традиции имена часто укорачивали и смягчали суффиксами -ух(а), -юх(а): Марк — Маркуха, так же как Иван — Ванюха, Матвей — Матюха. Такая форма звучала фамильярно, по-свойски, и в документах могла закрепиться за человеком, которого в семье и в деревне звали именно Маркухой.

Суффикс -ов в фамилии Маркухов — классический русский патронимический показатель, отвечающий на вопрос «чей?». Он означает, что фамилию дали по отцу или главе семьи: Маркухов сын, то есть сын Маркухи. Модель образования типична для центральной и северной России, а также для Поволжья. Фамилии на -ухин встречаются реже, поэтому форма именно с -ов указывает на принадлежность к более широкому ареалу, где преобладал этот суффикс.

Само имя Марк — латинского происхождения, от слова marcus — «молоток». В святцах оно появилось благодаря апостолу Марку, одному из четырёх евангелистов. Однако в крестьянской среде это имя не было таким частым, как Иван или Пётр, поэтому носитель прозвища Маркуха мог выделяться — либо по имени, либо по отцу, которого звали Марком. Нельзя исключать и вариант, что прозвище Маркуха дали по какой-то внешней или поведенческой черте, но связь с каноническим именем остаётся самой прямой и вероятной.

География фамилии Маркухов показывает её сосредоточение в южных и центральных областях России, особенно в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. Встречается она и на Украине, где суффикс -ух(а) тоже продуктивен. В XIX веке Маркуховы могли быть как государственными крестьянами, так и казаками — фамилия не несёт однозначной сословной окраски. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Марк в народе не было массовым, а форма Маркуха — нестандартная, поэтому документально закрепилась лишь в отдельных родах.