Фамилия Марникова — женская форма, её мужской вариант Марников. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Марник, которое могло возникнуть двумя разными путями.

Первый и самый вероятный вариант: Марник — это производная форма от крестильного имени Марк. В русской народной традиции имена часто укорачивали и добавляли суффиксы -ик, -ник: Марк превращался в Марника, а от него уже пошла фамилия. Такая модель образования (имя + -ник + -ов) встречается, но реже, чем обычные отчества на -ов, что делает фамилию Марников нестандартной по словообразованию. В этом случае предок носителя фамилии был, скорее всего, сыном человека по имени Марник, то есть домашнего Марка.

Вторая версия, более редкая, отсылает к прозвищу, связанному с глаголом «марать» или существительным «мара» (в некоторых говорах — морок, туман, нечисть). В этом случае Марником могли назвать неряшливого человека или, наоборот, того, кто занимался пачканной работой — например, красильщиком или маляром. Однако фонетически переход от «мара» к «марник» требует дополнительного суффикса, что менее естественно, чем образование от имени.

Географически фамилия редкая, её очаги встречаются в центральных областях России и на Урале — там, где имя Марк было в ходу среди простого крестьянства. В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Суффикс -ов однозначно говорит о русской модели образования, в отличие от украинских или белорусских аналогов на -енко или -ук.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Марникова — это «внучка» человека, которого в быту звали Марником, то есть уменьшительно от Марка. Фамилия хранит память о простонародном произношении и неформальном именовании, которое позже закрепилось в документах.