Фамилия Марников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или поведением. В отличие от распространённых «Марков» или «Марьиных», здесь работает другая словообразовательная модель: суффикс -ник, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на принадлежность к группе людей или на характерный признак.

Корень «марн» в русских говорах имеет несколько значений, и все они дают правдоподобную версию происхождения. В северных и сибирских диалектах «марный» означало «хилый», «болезненный», «вялый» или «печальный». Человека могли прозвать Марным, а его сына или внука — Марниковым. Вторая версия связана с глаголом «марать»: «марный» — тот, кто пачкается, неопрятный. Третья, более редкая, отсылает к тюркским корням, где «мар» могло значить «змея» или «дракон», но эта гипотеза слабая, так как фамилия не характерна для южных регионов.

Географически фамилия Марников тяготеет к северо-востоку Европейской России и Уралу. В переписях XIX века её носители встречаются среди государственных крестьян Вятской и Пермской губерний. Это объясняет и диалектную основу: именно в тех краях слово «марный» было в ходу. Суффикс -ов в окончании — стандартный для русских фамилий XIX века, он указывает на «сына Марника» или «потомка Марного».

С точки зрения социального статуса, Марниковы — почти наверняка крестьянский род. Фамилия не попала в дворянские родословные книги и не встречается среди духовенства. Её носители — люди, чьи предки получили фамилию по уличному прозвищу, которое дали за какую-то заметную черту: болезненность, неопрятность или, напротив, ироничное прозвище здоровяка.

Сравните с однокоренными фамилиями: Марнов, Марных, Марнин. У них тот же корень, но разные суффиксы. Марников стоит особняком именно из-за -ник, который в русской антропонимике чаще встречается в профессиональных фамилиях (Сапожников, Плотников), а здесь он играет роль усилителя признака. Таким образом, Марников — не «сын Марка», а «потомок того, кого звали Марным».