Фамилия Марсакова — женская форма фамилии Марсаков, которую образовали от прозвища Марсак. В основе этого прозвища лежит слово «марс» — так на флоте называли площадку на мачте для наблюдения и работ с парусами. Скорее всего, предок носителей фамилии был моряком, служил матросом на марсе или имел какое-то отношение к корабельному делу. Морская версия — самая правдоподобная, и она же самая распространённая среди ономастов при разборе подобных фамилий.

Суффикс -ак в прозвище Марсак (а затем и в основе фамилии) характерен для русских именований, образованных от нарицательных слов. Он придаёт слову разговорный, а иногда и пренебрежительный оттенок: Марсак — это не просто «марсовый», а скорее «тот, кто постоянно на марсе» или «служащий на марсе». Такая словообразовательная модель встречается в фамилиях Моряков, Штурмаков, Боцмаков — все они указывают на ремесло или занятие.

Существует и другая гипотеза, но она значительно менее вероятна. Согласно ей, прозвище Марсак связано с офенским словом «марсик» — так на тайном языке бродячих торговцев-офеней называли нос. В этом случае фамилия могла указывать на какую-то особенность внешности предка (например, крупный или приметный нос). Однако офенские корни в русских фамилиях встречаются редко, а для фамилии Марсакова нет никаких документальных подтверждений такой связи. Поэтому морская версия остаётся основной.

Фамилия Марсакова — относительно редкая. Встречается она в основном в центральных и южных регионах России, где исторически были развиты речное и морское судоходство. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, она не связана с церковным календарём и не указывает на происхождение от конкретного святого. Сословных ограничений у неё тоже нет: Марсаковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки — главное, чтобы предок имел отношение к флоту или судоходству.