Фамилия Марсаков в своей основе имеет прозвище Марсак, которое, скорее всего, связано с морем. Нарицательное «марс» — это морской термин, обозначающий площадку на мачте для наблюдения и работы с парусами. Если предок носил прозвище Марс или Марсак, это прямо указывает на его профессию: он мог быть матросом, боцманом или капитаном, постоянно работавшим с рангоутом и такелажем.

Менее вероятная, но любопытная гипотеза отсылает к офенскому языку — тайному говору бродячих торговцев и ремесленников. В офенском арго слово «марсик» означало «нос». В таком случае прозвище Марсак могло закрепиться за человеком с заметным, крупным или необычной формы носом. Эта версия слабее, так как морская терминология была распространена шире, чем узкопрофессиональный жаргон офеней, но полностью исключать её нельзя — в русских фамилиях нередко встречаются прозвища по внешности, образованные от редких диалектных слов.

Словообразовательная модель проста: к основе Марсак добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Марсака»). Таким образом, фамилия Марсаков — это отчество в чистом виде, закрепившееся за потомками конкретного человека с прозвищем Марсак. Географически фамилия встречается в разных регионах, но чаще фиксируется в центральных и южных областях России, что косвенно поддерживает «морскую» версию: выходцы из южных губерний чаще были связаны с флотом и судоходством.

Сравните с однокоренными фамилиями: Марсов, Марсовский, Марсанов. Все они восходят к тому же корню «марс», но различаются суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных семьях и регионах. Фамилия Марсаков — одна из самых прямых по смыслу: она не требует сложной расшифровки, а просто называет предка по его занятию или, реже, по приметной черте лица.