Фамилия Марскова — женская форма, мужской вариант Марсков. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Марской, Марский, которое могло быть связано с географическим объектом или особенностью человека. Разберём по порядку.

Первое, что бросается в глаза — суффикс -ск-. В русских фамилиях он чаще всего указывает на происхождение от географического названия (например, Тверской, Смоленский). Марсков могло образоваться от названия реки, села или урочища Марка. Таких топонимов немало: река Марка в бассейне Волги, село Марково (от которого пошли фамилии Марковы — но это другая модель). Однако Марсков — не Марков. Суффикс -ск- здесь говорит о принадлежности к местности, а не просто о сыновстве.

Вторая версия: основа «марс» — от латинского Mars, имени бога войны. В русском языке слово «марс» имело значение «воинственный человек» или «забияка» (через семинарские прозвища). В среде духовенства в XVIII–XIX веках было модно давать фамилии от античных божеств: Марсов, Марсков. Такие фамилии встречаются у потомков семинаристов, особенно в центральных губерниях.

Третья, более прозаичная версия: прозвище Марской мог получить человек, живший у моря или занимавшийся морским промыслом. Но в русской ономастике форма «Марской» редка, чаще встречается «Морской». Поэтому эта версия менее правдоподобна.

Фамилия Марскова — нечастая. По данным переписей, её носители встречаются в основном в центральной России и на Урале. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» отдельного упоминания нет, но модель с суффиксом -ск- от имени Марс или топонима Марка описана. Склонение стандартное: Марскова, Марсковой, Марскову.

Таким образом, наиболее вероятное объяснение — фамилия семинарского происхождения (от античного бога войны) либо от названия местности. Точная этимология без генеалогического исследования конкретной семьи остаётся спорной.