Фамилия Маруфенина — редкий случай, когда географическая привязка проясняет происхождение быстрее, чем попытка разобрать корень «на слух». Если отбросить версию о связи с арабским именем Маруф (известным, но маловероятным для русской фамилии на -ин), то ключ лежит в северных русских говорах. Основа «маруф» или «маруха» — диалектное слово, означавшее «ненастье», «слякоть», «мокрый снег с дождём». В архангельских и вологодских говорах так называли сырую, промозглую погоду, а человека могли прозвать Маруфой за угрюмый или «мокрый» вид, либо по обстоятельствам рождения — например, ребёнка, появившегося на свет в такое время года.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маруфенин — «сын Маруфы» или «из семьи Маруфы». Это типичная модель для прозвищных фамилий Русского Севера, где -ин часто присоединялся к основам на -а. Мужская форма — Маруфенин, женская — Маруфенина. Интересно, что в переписных книгах XVII века по Вологодскому уезду встречается крестьянин Маруфа Иванов, сын Окулов — это прямое документальное подтверждение бытования такого прозвища в нужном регионе. Имя или прозвище Маруфа могло также быть уменьшительной формой от Маруф, но в русской среде оно осмыслялось именно через погодную лексику.

Фамилия почти не выходит за пределы северных областей — Вологодской, Архангельской, отчасти Костромской. В центральных и южных регионах она практически не фиксируется. Это сразу отсекает популярную, но слабую гипотезу о связи с греческим именем Маруф (Μαρούφ), которое встречается в синаксарях, но в России не прижилось как основа для фамилий. Сословно носители Маруфенины — почти наверняка крестьяне или посадские люди, никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.

Для сравнения: однокоренные фамилии — Марухин, Марушев, Марунин — тоже тяготеют к северу, но образованы от разных диалектных вариантов (маруха, маруня). Маруфенина стоит особняком из-за редкого суффикса -ен- между корнем и -ин, что может указывать на форму «Маруфеня» (как Степан → Степаненя). Такая цепочка: прозвище Маруфа → уменьшительное Маруфеня → фамилия Маруфенин. В итоге значение фамилии прозрачно: «сын того, кого звали Маруфеней», а за этим прозвищем стояла либо погода, либо характер — угрюмый, как осенняя слякоть.