Фамилия Марунковы (в документах чаще встречается форма Марунков) образована от прозвища или имени Марунка. Слово это неоднозначное, и у фамилии есть как минимум три версии происхождения, причём все они по-своему правдоподобны.

Самая прямая версия — от глагола «марать». Марункой в говорах могли называть человека неаккуратного, пачкающегося, неряшливого. Такие прозвища по поведению или внешнему виду давали часто и охотно, поэтому эта версия самая простая и массовая.

Вторая версия уводит в среду офеней — бродячих торговцев. На их условном языке (фене) «маруня» означала гривну, то есть денежную единицу. Прозвище Марунка мог получить либо бережливый и богатый торговец, либо, наоборот, человек, прижимистый в мелочах. Офенский жаргон — пласт лексики, который дал немало русских фамилий, и эта версия не менее весома, чем первая.

Третья версия — от женского имени Мария через его просторечную форму Маруня. Марункой в семье могли называть сына вдовы или ребёнка, которого воспитывала одна мать, — по принципу «Марункин сын», то есть «Марунин, Машин». Такие «матримониальные» фамилии встречаются реже, но они есть, особенно в южнорусских и украинских говорах.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Марунк- добавили патронимический суффикс -ов. Это значит, что фамилию дали по отцу: «чей сын?» — Марунков, то есть сын Марунки. Суффикс указывает на то, что фамилия сложилась в центральных или северных областях России, где преобладала именно эта модель, а не -ин или -енко.

Точное место и время возникновения фамилии Марунковы установить трудно: процесс становления фамилий растянулся на несколько столетий, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных губерниях. Однако по суффиксу и по редкой основе (Марунка встречается реже, чем, скажем, Марушкин или Маркин) можно предположить, что фамилия не слишком массовая и скорее всего ведёт начало от прозвища, а не от крестильного имени.