Фамилия Марунков — из числа тех, где этимологи спорят, не приходя к единому мнению. Основная версия отталкивается от прозвища Марунка, которое выводили из глагола «марать». Тогда Марункой называли неаккуратного, пачкотного человека. Но это лишь бытовое, самое прямое объяснение.

Интереснее другая, профессиональная версия, связанная с офенями — бродячими торговцам. В их условном языке (фене) словом «маруня» обозначали гривну, то есть денежную единицу. Если предок носил прозвище Марунка, он мог быть не неряхой, а наоборот, бережливым или зажиточным торговцем. Такая привязка к ремеслу встречается в фамилиях куда реже, чем указание на внешность или характер, и это делает версию с офенями ценной.

Третий вариант уводит в сторону женских имён. Маруня — просторечная, ласковая форма имени Мария (в переводе с древнееврейского — «любимая, желанная», также «госпожа»). Фамилии на -ков, образованные от женских имён, встречаются, но обычно указывают на «сына Маруни» или человека, находившегося в услужении у женщины с таким именем. Правда, для фамилии Марунков эта версия выглядит менее убедительной, чем две предыдущие: прозвище от глагола или от торгового жаргона объясняет появление суффикса -к- естественнее.

Исходное прозвище Марунка со временем закрепилось как фамильное имя, и потомки того человека — будь он неряха, офеня или сын Маруни — стали Марунковыми.