Фамилия Марунич образована по распространённой в украинской и белорусской ономастике модели с суффиксом -ич. Этот суффикс, как правило, указывает на происхождение от отца или главы семьи: Марунич буквально означало «сын Маруни» или «потомок Маруни». Такая модель типична для фамилий, возникших в западных и юго-западных землях бывшей Речи Посполитой, где форма на -ич была одной из основных при оформлении наследственных именований.

Основа фамилии — прозвище Маруня. Его происхождение спорно, и ономасты предлагают несколько версий. Первая связывает прозвище с глаголом «марать»: Маруней могли называть неопрятного, пачкотливого человека. Вторая, более правдоподобная в контексте фамилии, возводит Маруню к просторечной форме женского имени Мария (древнеевр. «любимая, желанная; госпожа»). В украинских и белорусских говорах уменьшительно-ласкательные формы вроде Маруня, Маруся были чрезвычайно популярны. В таком случае прозвище могло закрепиться за мужчиной как уличное имя, данное по матери (так называемый матроним), либо как бытовое производное от имени отца — Марун (от Марий, Мариан).

В любом случае, к моменту оформления фамилии прозвище Маруня полностью вытеснило крестильное имя предка, и его потомки стали писаться Маруничами. Географически фамилия тяготеет к западу Украины и югу Беларуси, что подтверждает её модель с суффиксом -ич, редкую для восточнорусских земель.