Фамилия Марунина образована от женского имени Маруня — уменьшительно-ласкательной формы одного из самых распространённых на Руси имён. Чаще всего за ним стоит Мария, но в диалектах Маруней могли называть и Марфу, и Марью, и даже Маргариту. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Марунина буквально значит «дочь Маруни» или «жена Маруни». Такая модель типична для русских фамилий, особенно на севере и в центральных губерниях, где отчество или прозвание матери ложилось в основу родового имени.

Интересно, что фамилия стоит в женской форме, но в быту её чаще носили мужчины. Это не редкость: в документах XVII–XVIII веков крестьяне и посадские люди нередко записывались по материнскому имени, особенно если отец умер рано или был неизвестен. Марунина — не исключение, и её носители, скорее всего, происходят из среды крестьян или мещан, где отчества и прозвища передавались без строгой паспортной унификации.

Вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований, связывает фамилию с прозвищем Маруня. В некоторых говорах «маруня» — это ласковое обращение к ребёнку, а в южнорусских диалектах — даже название деревенской сластёны или тихони. Если прозвище закрепилось за родоначальником, то фамилия отражает не имя, а характер или привычку. Однако в ономастике такое встречается реже: прозвища от женских имён обычно давали по матери, а не по чертам.

Географически фамилия Марунина чаще всего встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — на тех территориях, где хорошо сохранились древние модели образования фамилий от женских имён на -иня, -уня. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках. Однокоренные фамилии — Марунин, Маруничев, Марунькин — указывают на ту же основу, но с разными суффиксами.

В целом, фамилия Марунина — один из тех случаев, когда за короткой формой стоит живая история народного именования. Её носители почти наверняка потомки людей, которых в семье или в деревне называли по матери, что было обычным делом в среде, где паспорта и единые правила записи появились поздно.