Фамилия Марунины — яркий пример того, как одно и то же прозвище могло возникнуть из совершенно разных источников. В основе лежит прозвище Маруня, и здесь есть как минимум три равноправные версии, ни одна из которых не перевешивает другую.

Первая версия отталкивается от глагола «марать». В этом случае Маруней называли неаккуратного, пачкающегося человека. Вторая версия ведет нас в среду офеней — бродячих торговцев. На их условном языке (фене) «маруня» означала «гривну», то есть денежную единицу. Прозвище Маруня мог получить либо прижимистый торговец, либо, наоборот, человек, который легко расставался с деньгами. Третья версия связывает прозвище с каноническим именем Мария, точнее с его просторечной, домашней формой Маруня. В таком случае фамилия указывает на то, что предка звали Маруней, и это было не прозвище, а обиходное имя.

Фамилия образована по стандартной русской модели с помощью патронимического суффикса -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Марунин — значит «сын Маруни». Примечательно, что суффикс -ин указывает на основу, оканчивающуюся на -а или -я, что характерно для прозвищ и уменьшительных форм имен.

О точном месте и времени возникновения фамилии Марунины сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был долгим, и подобные «простые» фамилии могли независимо появиться в разных регионах.