Фамилия Маруненко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель означает «сын» или «потомок» и была особенно распространена в центральных и восточных регионах Украины. В основе фамилии лежит прозвище или разговорное имя Маруня, от которого и пошёл род.

С происхождением самого слова «Маруня» есть несколько версий, и все они имеют право на существование. Первая, самая прямая, связывает прозвище с глаголом «марать»: Маруней в народе могли назвать неопрятного, пачкотливого человека. Однако у этого же слова было и совершенно иное, профессиональное значение. В среде офеней — бродячих торговцев, которые пользовались особым условным языком, «маруней» называли гривну, то есть денежную единицу. В этом случае прозвище мог получить либо бережливый крестьянин, либо сам офеня, что указывало бы на род занятий предка.

Вторая версия выводит «Маруню» из просторечной, уменьшительной формы имени Мария. Имя Мария (от древнееврейского «любимая, желанная, госпожа») было чрезвычайно популярно, и его производные — Маруня, Маруся — нередко становились самостоятельными прозвищами, а затем и фамилиями. В таком случае фамилия Маруненко буквально означала бы «потомок Маруни», то есть человека, которого в быту называли по матери или по женскому имени.

Со временем прозвище Маруня настолько закрепилось за человеком, что вытеснило его крестильное имя и в документах, и в повседневной жизни. А суффикс -енко окончательно закрепил родовую принадлежность, превратив личное прозвище в наследственную фамилию. Среди однокоренных фамилий, построенных по той же модели, — Марущенко, Марусенко, Марюненко.