Фамилия Марунова — женская форма от Марунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Марун. В основе почти наверняка лежит глагол «мару́нить» или существительное «марун». В русских говорах, особенно южных и западных, «марунить» означало «медлить, мешкать, задерживаться», а также «обманывать, проводить». Соответственно, Маруном могли прозвать человека нерасторопного, вялого, либо, наоборот, хитрого, склонного к плутовству. Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: от церковного имени Марон (в просторечии Марун) — в честь святого пустынника. Однако такая форма имени встречалась редко, и в народной среде её быстро переосмыслили бы в сторону более понятного прозвищного значения.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — «Марунов», то есть сын или потомок Маруна. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается и её географией. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский край, а также Украина (в украинском языке фамилия могла звучать как Марунів). Встречается она нечасто, что делает её ценной для локальной ономастики: по ней можно проследить миграцию населения из чернозёмных губерний на Кубань и Дон.

Любопытная деталь: в говорах слово «марун» имело ещё одно значение — «вид дикой груши» (от тюркского «марун»). Если предок был садоводом или жил в местности, где такие груши росли, прозвище могло закрепиться по месту жительства или роду занятий. Но эта версия менее распространена, так как фамилии от названий растений обычно образуются через суффикс -ин (Грушин, Сливин), а не -ов. Тем не менее, полностью сбрасывать её со счетов не стоит — в отдельных сёлах прозвище Марун могли дать человеку, похожему на дикую грушу сухостью или колючим нравом.

В написании фамилии возможна вариативность: Марунова и Марунёва. Ударение в большинстве случаев падает на второй слог — МарУнова, но в южных говорах встречается вариант с ударением на последний слог — МаруновА. В документах XIX века фамилию могли записать через «ять» или с двойной «н» (Маруннова), но это единичные случаи, не повлиявшие на современную норму.