Фамилия Маруничева — женская форма фамилии Маруничев. Её основа — прозвище или производное имя, и здесь есть два основных пути объяснения, причём один из них значительно надёжнее другого.

Надёжная версия: Маруничев — это отчество от прозвища Марун. В русских говорах и в украинском языке «марун» — это сорт вишни, тёмно-вишнёвый цвет. Прозвище могли дать человеку с тёмным румянцем или смуглой кожей. Суффикс «-ичев» указывает на происхождение: «чей сын?» — Маруничев, то есть сын Маруна. Эта модель образования типична для северных и центральных областей России, а также для украинских и белорусских земель, где фамилии на «-ич» и «-ичев» встречаются чаще, чем, скажем, в южнорусских областях.

Менее вероятная, но возможная версия: основа от имени Маруня. Маруня — уменьшительная форма от Мария или от редкого имени Марун (греческого происхождения, от «марайно» — «блистать»). В этом случае фамилия образована через притяжательное прилагательное: Маруня → Маруничев — «сын Маруни». Однако суффикс «-ичев» чаще крепится к основам на «-а» (как Марун-а → Маруничев), чем к имени Маруня, которое дало бы форму Маруничев через «-ин» (Марунин). Поэтому версия с прозвищем Марун выглядит логичнее.

Географически фамилия Маруничев (и Маруничева) встречается в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также в прилегающих районах Украины — это говорит о её южнорусском или малороссийском корне. В этих краях слово «марун» в значении «тёмный, вишнёвый» было в ходу, что подкрепляет первую версию.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Марунов, Марунин, Марун — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Маруничев — одна из самых редких форм, что делает её ценной для локальной истории: носители фамилии, скорее всего, происходят из одного небольшого рода, где прозвище Марун закрепилось за конкретным предком.