Фамилия Марыксина — форма женского рода (Марыксин — мужская). Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу. В русских фамилиях на -ин она обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «Марыксин», то есть сын или дочь человека по прозвищу или имени Марыкса.

Самая вероятная версия: основа «Марыкс» — это вариант просторечного крестильного имени Марк. В народной речи имя Марк нередко звучало как Марко или Марык, а через суффикс -с- (характерный для уменьшительно-ласкательных форм в некоторых говорах) возникла форма Марыкса. Сравните: Федька — Фекса, Васька — Вакса. Таким образом, Марыксин — «потомок того, кого в быту звали Марыксой», то есть Марком. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Мары́ксина.

Менее вероятно, но допустимо, что в основе лежит не имя, а прозвище. В некоторых западных и южных русских говорах «марыкать» означало «говорить невнятно, бормотать». Тогда Марыкса — человек с нечёткой речью. Однако фамилии от глаголов с суффиксом -с- встречаются реже, чем от имён, поэтому версия с именем Марк предпочтительнее.

По географии фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где была сильна традиция образования фамилий на -ин от имён на -а/-я. Социальный состав носителей мог быть разным: от крестьян до мещан, так как имя Марк было распространено во всех сословиях, хотя и не входило в число самых частых.

Отличительная черта этой фамилии — двойная суффиксация: сначала уменьшительный -к- (Марк → Марык), потом суффикс притяжательности -с- (Марык → Марыкса), и только затем родовой -ин. Такая цепочка делает фамилию непохожей на стандартные Марков или Маркин и указывает на её народное, нецерковное происхождение.