Фамилия Марыксин — одна из тех, где при кажущейся простоте скрывается сразу несколько возможных историй. Её ядро — «Марыкса», а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Марыксин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Марыкса.

Самая вероятная версия связывает основу с женским именем Марыкса — уменьшительной или диалектной формой от Мария. В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, имена нередко перекраивались на свой лад: Марья превращалась в Марюху, Марюшу, а в отдельных местностях — в Марыксу. Если предком был человек, которого в обиходе звали Марыксой (возможно, так называли сына вдовы или батрака, оставшегося при матери), то его дети получали фамилию по этому уличному прозвищу. Такие «матримониальные» фамилии — от женских имён — встречаются реже, чем от отчеств, но они есть (сравните: Анисин, Татьянкин).

Вторая версия — прозвищная. В некоторых диалектах слово «марыкса» могло означать нечто, связанное с маревом, туманом или дымкой («мара» — призрак, наваждение). Тогда прозвище Марыкса давали человеку рассеянному, мечтательному или, наоборот, тому, кто любил напускать туман, хитрил. Но эта гипотеза менее обоснована, так как прямых фиксаций такого нарицательного слова в словарях нет.

Словообразовательный суффикс -ин здесь не случаен: он характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я (Марыкса → Марыксин). Если бы основа заканчивалась на согласный или -о, стоял бы суффикс -ов. Это косвенно подтверждает, что исходное имя или прозвище звучало именно как Марыкса, а не Марыкс.

Фамилия редкая. По данным современных переписей, Марыксины встречаются точечно, в основном в Центральной России и Поволжье. Это говорит о том, что фамилия не получила широкого распространения и, скорее всего, возникла в одном конкретном роду или небольшой местности. Сословная принадлежность предков могла быть любой — от крестьян до мещан, так как прозвищные фамилии на -ин встречаются во всех слоях, кроме высшей аристократии.