Фамилия Марьюшкина образована от женского имени Марьюшка, которое в русской народной традиции было ласкательной формой канонического имени Мария. В отличие от стандартной модели «имя + -ин», где фамилии образовывали от отца (Иван — Иванов, Пётр — Петров), здесь основа — женское имя. Такие случаи в русской ономастике встречаются реже, но они не единичны: фамилии вроде Машков, Дашков, Катюшкин тоже восходят к женским уменьшительным формам. В крестьянской среде XIX века прозвище или уличное имя могли дать по матери, особенно если женщина была вдовой, единственной кормилицей или пользовалась особым авторитетом в общине. Так, сына Марьюшки на деревне звали Марьюшкиным — «чей?» — «Марьюшкин». Суффикс -ин указывает на принадлежность, и первоначально фамилия звучала как отчество: «Марьюшкин сын», а затем закрепилась в качестве родового прозвища.

С точки зрения географии, фамилия Марьюшкина (и её мужской вариант Марьюшкин) тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также на Урале — в Пермском крае. Это зона бытования так называемых «полных» народных форм имени Мария: Марья, Марьюшка, Марюта. В южнорусских говорах, напротив, чаще использовали формы Маруся, Марушка, поэтому фамилии от них — Марусины, Марушкины — более характерны для юга.

Споров вокруг корня фамилии почти не возникает: основа очевидна, а суффикс типичен для русской фамильной системы. Единственный нюанс — написание. В дореволюционных метрических книгах можно встретить вариант «Марьюшкинъ» с твёрдым знаком на конце, а также редкое «Марюшкин» (через одно «ь»). Последнее могло возникнуть из-за местного произношения: в некоторых говорах «Марьюшка» звучало как «Марюшка», без йотации. Однако основная масса носителей закрепила написание с мягким знаком и буквой «ю».

Социальный контекст фамилии — почти исключительно крестьянский. Марьюшкины не принадлежали к дворянским родам и не фиксируются в «Бархатной книге» или других родословных сборниках. Это типичная «деревенская» фамилия, которая могла возникнуть в любой момент, когда общине потребовалось выделить конкретную семью по имени матери-хозяйки. В переписях XVIII–XIX веков такие фамилии часто не записывали вовсе, а в документах фигурировали отчества, поэтому первые письменные упоминания Марьюшкиных относятся к середине XIX века — времени массового закрепления фамилий за бывшими государственными крестьянами.