Фамилия Марюшкина — женская форма фамилии Марюшкин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Марюшка. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического крестильного имени Марий или Мария. В русской ономастике суффикс -ушк- (а в фамилии — -ушкин) указывает на принадлежность к конкретному человеку: Марюшкин буквально означает «сын Марюшки» или «человек из семьи Марюшки».

Интересно, что имя Марий в святцах встречается редко (это древнеримское родовое имя, которое носили несколько раннехристианских святых), а вот женское имя Мария было одним из самых распространённых на Руси. Поэтому в быту Марюшкой могли называть и мужчину по имени Марий, и женщину Марию (в некоторых говорах уменьшительное Марюшка использовалось для обоих полов). Но фамилия закрепилась за потомками мужчины, которого в семье или в деревне звали Марюшкой. Такая модель — от женского имени через прозвище мужчины — не редкость: например, от Анны шли Анюткины и Аннушкины, от Марьи — Марьины, Марюшкины.

Географически фамилия Марюшкин (и, соответственно, Марюшкина) тяготеет к центральным и северным областям России. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков носители этой фамилии встречаются в Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях. Там же, в архангельских и вологодских говорах, слово «марьюшка» могло иметь и нарицательное значение — так иногда называли небольшую рыбу или просто милую девушку, но для фамилии основным остаётся личное имя.

В отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, вариант с суффиксом -ин (Марюшкин) указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на профессию или место жительства. Это типичная «патронимическая» фамилия, каких много в русском ономастиконе: она не говорит о сословии предка — Марюшкиными могли быть и крестьяне, и посадские люди, и мелкие служилые. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок нынешних носительниц фамилии Марюшкина жил в среде, где было принято называть человека ласково, по-домашнему, и это прозвище закрепилось за его родом.