Фамилия Марженакова — редкий случай, когда женская форма встречается чаще мужской, и это сразу бросается в глаза. В основе лежит мужская фамилия Марженак, которая образована не по привычной русской модели (-ов/-ев, -ин), а по польско-белорусской. Суффикс -ак в славянских фамилиях — мощный словообразовательный инструмент: он указывает на принадлежность к чему-то или характерный признак. В белорусском, польском, украинском и западнорусском ономастиконе такие фамилии (Бонда́к, Ковалё́нок, Гу́рак) обычно означали «сын такого-то» или «человек, связанный с тем-то». Здесь основа — Маржен, что с высокой вероятностью восходит к личному имени Маржена. Это польская форма имени Марина (от латинского marinus — «морская»), но в белорусских и западнорусских говорах «Маржена» могло быть и самостоятельным народным вариантом имени Мария.

Географически фамилия Марженакова прочно привязана к западным регионам России и востоку Беларуси. Встречается она в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Витебщине. Это территория, где веками смешивались восточнославянские и польские языковые традиции, и фамилии с суффиксом -ак здесь — обычное дело. Мужская форма Марженак могла возникнуть как прозвище: так могли называть человека, чья мать или бабушка носила имя Маржена, либо того, кто служил в хозяйстве у женщины с таким именем.

Вторая, менее очевидная версия: основа Маржен- может быть связана с польским глаголом marzyć («мечтать»). В таком случае прозвище Марженак дали мечтательному, задумчивому человеку. Но это предположение слабее, потому что фамилии от глаголов в такой форме встречаются реже, а от имени — гораздо чаще.

Ударение в фамилии, судя по говорам, падает на второй слог: Марже́накова. В документах и переписях XIX века эта фамилия могла записываться по-разному: Марженак, Марженаков, Маржонок — пока не устоялась форма с конечным -а, характерная для женской линии. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, но точных данных нет: фамилия слишком редкая, чтобы делать однозначные выводы.