Фамилия Машененкин — редкий случай, когда суффикс -енк- стоит не на своём привычном месте. В русских фамилиях суффикс -енко (украинского происхождения) обычно закрепляется за основой без дополнительных наращений: Машенко, Машенкин. Здесь же мы видим цепочку Машен-енк-ин, что выдаёт нестандартную модель образования. Скорее всего, перед нами не прямое прозвище, а фамилия, возникшая через промежуточную форму — отчества или уменьшительного имени.

В основе лежит имя или прозвище Машена. Это может быть производное от канонического имени Матвей (в просторечии — Матюша, Машена) или от женского имени Мария (Маша, Машена). Второй вариант менее вероятен: фамилии от женских имён образовывались реже, обычно через мать-вдову или внебрачного ребёнка. Правдоподобнее, что Машена — это уменьшительная форма мужского имени, возможно, диалектная или региональная.

Суффикс -енк- в русских фамилиях часто указывает на западнорусское или украинское влияние, но окончание -ин (а не -ов) говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где патронимический суффикт -ин был нормой — например, в северных или центральных областях России. Таким образом, Машененкин мог возникнуть в пограничной зоне, где смешивались русские и украинские словообразовательные традиции, или как «обрусение» украинской фамилии Машененко.

Социальный контекст прост: фамилия крестьянская или мещанская. Владельцы такой фамилии в XIX веке, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, не имевшими родового дворянства. Суффикс -енк- в сочетании с -ин не встречается в аристократических родах, что подтверждает «низовое» происхождение.

Географически фамилия редкая, и её следы можно найти в Курской, Орловской или Воронежской губерниях — в зоне перехода от великорусских говоров к малорусским. Если искать однокоренные аналоги, то Машенков встречается чаще, а Машененкин остаётся локальным вариантом, который мог закрепиться в одном-двух селениях.