Фамилия Машиньян — редкий случай в русской ономастике, где иноязычная основа соединилась с русским патронимическим суффиксом. На первый взгляд, корень «Машин» наводит на мысль о происхождении от имени Маша (уменьшительное от Мария) через суффикс -ин. Но окончание -ьян вносит путаницу: в русском языке такой формант нехарактерен, зато типичен для армянских фамилий, где -ян означает принадлежность к роду. Однако армянская версия здесь маловероятна: в армянском языке нет основы «Машин» в значении «машина» (там используют слово «машина» как заимствование, но фамилии от него не образуют).

Наиболее правдоподобная версия — фамилия возникла в среде русских или украинских крестьян, контактировавших с польским или белорусским населением. Суффикс -ьян мог появиться как диалектное искажение более привычного -ин: например, в говорах западных губерний Российской империи фамилии на -ин нередко переходили в -ян под влиянием местных языков (сравните с фамилиями Белян, Иванюк). Тогда основа «Машин» — это прозвище или отчество от имени Маша, но не уменьшительного, а полного: в некоторых регионах Машей называли не только женщин, но и мужчин с именем Матвей или Макарий (в народной форме Маша). Так, Машиньян мог означать «сын Маши» (то есть Матвея или Макара).

Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию с профессией. В XIX веке слово «машина» вошло в обиход, и прозвище Машина могли дать механику, машинисту или владельцу паровой молотилки. Но от прозвища Машина фамилия образовалась бы с суффиксом -ин (Машинин) или -ов (Машинов). Форма Машиньян указывает скорее на отчество, чем на профессиональное прозвище.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России — встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Белоруссии. Сословного барьера у нее нет: носители могли быть как крестьянами, так и мещанами. Встречаются единичные упоминания в метрических книгах XIX века, но массово фамилия не распространена. По данным современных переписей, в России живет около 200–300 человек с фамилией Машиньян, что делает ее редкой, но не исчезающей.