Фамилия Машкетова — женская форма фамилии Машкетов, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого образована основа. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев чаще всего указывают на принадлежность к роду человека, носившего имя или прозвище Машкет. Сама основа «Машкет» — нечастая, и её корни, скорее всего, лежат за пределами великорусской традиции.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них слово «машкет» или близкие по звучанию формы могли означать «место, где растет маш» (вид бобовых) или быть производным от личного имени Машкет. Такие имена были распространены у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья. В этом случае фамилия Машкетов — типичный пример адаптации тюркского имени в русскую фамильную модель: к основе добавили типичный русский суффикс -ов, обозначающий «сын Машкета» или «потомок Машкета». Носители фамилии могли быть выходцами из татарских или башкирских родов, перешедшими в православие или сохранившими память о предке-мусульманине.

Менее убедительна, но возможна версия, связывающая фамилию с диалектным русским словом. В некоторых говорах «машкать» означало «медлить, возиться», а «машкет» могло быть прозвищем медлительного или нерасторопного человека. Однако эта гипотеза слабая: слово «машкет» в таком значении не зафиксировано в авторитетных словарях, а фамилия встречается редко, что скорее говорит о её иноязычном происхождении.

Географически фамилия Машкетова распространена в центральных регионах России и в Поволжье, что подтверждает тюркскую версию: именно там исторически происходило смешение русского и тюркского населения. Встречается она нечасто, поэтому каждый её носитель — носитель редкого родового имени, которое может указывать на предка-мусульманина или на прозвище, связанное с сельским хозяйством. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но, как правило, такие фамилии возникали в среде крестьян и мещан, а не дворянства.