Фамилия Машкунова — один из тех случаев, когда за короткой основой стоит не одно, а сразу два возможных объяснения, и оба имеют право на жизнь. Чтобы разобраться, нужно посмотреть на суффикс и на имя, от которого всё пошло.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ун-. В русских фамилиях он не так част, как -ов или -ин, но очень показателен. Обычно -ун- образует прозвища от глаголов по действию: «болтун» (от болтать), «говорун» (от говорить), «игрун» (от играть). Соответственно, основа Машк- могла произойти от глагола «машкать» или «махать». В диалектах, особенно северных и сибирских, «машкать» значило «махать, размахивать руками» или «делать что-то небрежно, наспех». Тогда Машкун — это прозвище человека с порывистыми движениями, суетливого или, наоборот, размашистого в работе. Вполне бытовое и точное именование, которое закрепилось за родом.

Вторая версия — уменьшительная. Имя Машко могло быть производным от Матвей (через народную форму Матюша → Машка) или от Марк (Марко → Машко). В украинской и южнорусской традиции такое «аканье» и замена согласных — обычное дело. Если так, то фамилия Машкуновы — патроним, то есть «внуки Машки»: сначала человека звали просто Машко, потом его дети стали Машковыми, а внуки — Машкуновыми (с добавлением суффикса -ун-, который в некоторых говорах мог выполнять роль отчества, как -ович). Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Машкунов встречается в старых документах по Тверской и Псковской губерниям — как раз на стыке великорусского и белорусского влияния, где такие формы были в ходу.

Спор между версиями решается просто: обе правдоподобны, но прозвищная (от «машкать») чуть вероятнее, потому что суффикс -ун- в русских фамилиях чаще образовывал именно прозвища, а не патронимы. Однако если ваши предки родом из западных областей, стоит присмотреться к имени Матвей.

Ещё одна деталь: окончание -а (Машкунова) указывает на женскую форму или на принадлежность к роду. В современном русском языке это стандартная женская фамилия, а в историческом контексте — форма родительного падежа («дочь Машкунова»). Так что носительница фамилии могла быть дочерью или вдовой того самого Машкуна.

Социально фамилия не элитарная — её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, не дворянами. В списках однодворцев и государственных крестьян XVII–XVIII веков фамилии с суффиксом -ун- встречаются регулярно, но без привязки к конкретному сословию сказать точнее нельзя.