Фамилия Машкунов образована от прозвища или имени Машкун. Основа Машк- — это либо русская уменьшительная форма крестильного имени Матвей (от древнееврейского Маттитьяху — «дар Яхве»), либо производная от имени Макар (греческое «блаженный, счастливый»). В обоих случаях работает типичная народная модель: полное имя сокращали до основы, а затем добавляли суффикс -ун-, который в русских фамилиях встречается редко, но придаёт слову оттенок деятеля или носителя признака. Машкун — так могли называть человека, которого в быту звали Машей (от Матвей) или Машей (от Макар), но с характерным окончанием, свойственным прозвищам (ср. говорун, крикун). Суффикс -ов в финале — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Машкуна».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где суффикс -ун- в прозвищах более распространён, чем на севере. Встречается она нечасто, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды — именно там прозвища на -ун были живыми и естественными. В официальных документах XIX века такую фамилию могли записать по отцу, которого в семье и в округе звали не полным именем, а по-свойски: Машкун.

Если сравнивать с однокоренными, то Машков и Машкин встречаются гораздо чаще — они образованы проще, через суффиксы -ов и -ин. Машкунов же выделяется именно этим редким суффиксом -ун-, который делает фамилию более «прозвищной», почти ремесленной по звучанию. Никакой связи с машкой (уменьшительное от «машина») или иноязычными корнями нет — это чисто славянская антропонимическая модель, понятная без словаря.