Фамилия Мошкунов образована от прозвища или мирского имени Мошкун. В её основе лежит слово «мошка» — мелкое двукрылое насекомое. На первый взгляд прозвище кажется обидным, но в русской традиции такие «комариные», «мушиные» имена давали не для насмешки. Скорее, это был оберег: считалось, что злые силы не позарятся на мелкого, незначительного человечка, а значит, не причинят ему вреда. Второй вариант — прозвище могли дать человеку суетливому, неугомонному, который «вьётся» как мошкара.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ун- указывал на деятеля (ср. говорун, бегун), а затем к основе Мошкун добавили патронимический суффикс -ов. Таким образом, Мошкунов — буквально «сын Мошкуна». Фамилия фиксируется в основном в центральных и северных областях России, где слово «мошка» было в ходу, и встречается реже, чем однокоренные Мошкин или Мошков.

Стоит упомянуть и менее вероятную, но допустимую версию: связь с диалектным «мошка» — так в некоторых говорах называли мешок или мошну (кошель). В этом случае Мошкун мог быть прозвищем запасливого или скупого человека. Однако первый вариант, с насекомым, подтверждается большим количеством аналогичных «комариных» фамилий и выглядит убедительнее.

Социальный состав носителей фамилии — по большей части крестьяне и посадские люди. В дворянские родословные книги Мошкуновы не попали, что ещё раз подтверждает народное, «мирское» происхождение фамилии.