Фамилия Мошкунова образована от прозвища или имени Мошкун, и здесь кроется неожиданный поворот. Вопреки интуиции, корень здесь не «мошка» (насекомое), а древнерусское слово «мошьна» — так называли кошель, сумку для денег. Соответственно, Мошкун — это человек с мошной, то есть богатый, зажиточный, либо, напротив, тот, кто эту мошну носил (казначей, сборщик податей). Версия с уменьшительным суффиксом -ун (от «мошна») выглядит убедительнее, чем связь с мелкой мошкарой: прозвища по признаку богатства встречаются в русских фамилиях часто (Кошелев, Мошков), а вот прозвищ от «мошки» почти не сохранилось.

Суффикс -ов- в окончании указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Мошкунов — сын Мошкуна. Женская форма Мошкунова, соответственно, принадлежит женщине из этого рода. Фамилия довольно редкая, её географическое ядро, судя по архивным данным и современным справочникам, — Поволжье и Урал, особенно Пермская и Кировская области. Там в XVII–XVIII веках фиксировались крестьяне и посадские люди с такой фамилией, что подтверждает её недворянское, народное происхождение.

В ономастике фамилия Мошкунов интересна тем, что у неё есть однокоренные «собратья» — Мошнин, Мошков, Мошаров. Но именно форма с суффиксом -ун встречается реже, что делает её более локальной и характерной для северорусских говоров, где такие прозвища были в ходу. Если ваш предок носил фамилию Мошкунов, скорее всего, он был не бедным крестьянином или мелким торговцем — прозвище давали не случайно, а по заметной черте.