Фамилия Мошкун — яркий пример того, как прозвище, данное когда-то одному человеку, закрепилось за его потомками. Её основа — слово «мошка», но не в значении мелкого насекомого, а в переносном, прозвищном смысле. В русских говорах мошкой, мошкарой называли не только гнус, но и человека низкорослого, юркого, суетливого или того, кто постоянно «вьётся» рядом, докучая. Такое прозвище давали либо ребёнку, который не сидел на месте, либо взрослому, обладавшему беспокойным, хлопотливым характером. Возможен и другой вариант: «мошкой» могли окрестить человека с очень мелким, невыразительным почерком или того, кто занимался кропотливым, «мелким» ремеслом, например, часовщиком или резчиком по дереву.

Главная особенность фамилии — её суффикс -ун. В отличие от стандартных патронимических суффиксов (-ов, -ин), -ун в русской ономастике — редкий и выразительный. Он характерен для прозвищ, обозначающих действие или свойство: говорун, крикун, бегун. Мошкун, таким образом, — это не «сын Мошки», а сам «тот, кто мошкуется», то есть ведёт себя как мошка. Такая модель образования указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где прозвища были более живыми и описательными, чем формальные отчества, вероятно, в крестьянской или посадской среде на севере или северо-востоке Руси.

Географически фамилия Мошкун тяготеет к украинскому и южнорусскому пограничью. По данным современных исследований, наибольшая концентрация носителей встречается в Черниговской, Сумской и Брянской областях. Это косвенно подтверждает, что прозвище могло возникнуть под влиянием украинских говоров, где «мошка» имеет те же значения, а суффикс -ун даже продуктивнее, чем в русском языке (сравните: стрибун — прыгун, базіка — болтун). Встречаются и варианты написания с одной «ш» — Мошкун, что связано с диалектным произношением в некоторых регионах.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с XVIII века, в основном среди государственных крестьян и казаков. В отличие от дворянских фамилий, Мошкун не менял форму и не имел приставок — он оставался простым и точным, как прозвище, которое его породило. Сегодня эта фамилия встречается нечасто, что делает её носителей носителями редкого ономастического артефакта, сохранившего живую народную речь в чистом виде.