Фамилия Мошкуев образована от прозвища или нецерковного имени Мошкуй. Основа здесь — «мошка», уменьшительное от «мох», то есть болото, топкое место, поросшее мхом. В северных и сибирских говорах «мошкуем» называли человека, живущего у мохового болота или промышляющего добычей мха (например, для конопачения изб). Суффикс -уй в русских прозвищах встречается нечасто, но он характерен для северных и уральских диалектов: ср. Ветлуй, Шишуй, Харлуй. Такая модель указывает на прозвание по месту жительства или роду занятия, а не на уменьшительно-ласкательную форму.

Фамилия закрепилась с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или -й. В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в Приуралье и на Русском Севере — в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях. Это согласуется с ареалом диалектного слова «мошкуй»: болотистые леса и мшаники там — обычный ландшафт. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или охотниками, жившими на краю мхов и болот.

Встречается и другое объяснение: от имени Мошко — уменьшительного от Мосей (Моисей) через форму Мошко, Мошков. Но суффикс -уй в таком варианте необъясним: от Мошко закономерно было бы Мошков, а не Мошкуев. Поэтому версия с прозвищем по болоту выглядит убедительнее. Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий не значится, что подтверждает её узколокальное происхождение — из одного или нескольких смежных говоров.