Фамилия Мышкун встречается нечасто, и её разбор требует внимания к деталям. В первую очередь бросается в глаза суффикс -ун, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Этот суффикс обычно указывает на прозвище, данное за характерный признак или привычку — например, «крикун», «молчун», «ворчун». В случае с Мышкун основа «мышк-» почти наверняка связана с мышью.

Почему именно мышь? Вряд ли тут речь о тотемном животном или охотнике на мышей. Скорее всего, прозвище Мышка или Мышок дали человеку за внешнее сходство: невысокий рост, юркость, тихий голос, подвижность. А суффикс -ун усилил прозвище, сделав его более выразительным — «тот, кто похож на мышь» или «мышиный человек». Такой тип прозвищ был характерен для крестьянской среды, где меткое слово легко прилипало к человеку и затем передавалось детям уже как фамилия.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «мышка» в значении «мышца» или «мускул». В некоторых говорах так называли сильного, жилистого человека. Тогда Мышкун могло означать «крепкий, мускулистый». Однако эта гипотеза слабее: прозвища от «мышцы» в русской ономастике редки, а вот производные от названия животного — обычное дело.

Географически фамилия Мышкун скорее всего имеет западнорусские или украинские корни. Суффикс -ун особенно распространён в украинской и белорусской антропонимии (сравните: Глазун, Стригун, Ткачун). В русских фамилиях он тоже встречается, но реже и чаще в южных и западных регионах. Если искать однокоренные фамилии, то Мышков, Мышкин, Мышко — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Мышкун среди них выделяется именно своей «характерологической» окраской: прозвище, а не просто сын Мышки.

Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, получил прозвище за сходство с мышью — по росту, поведению или внешности. Фамилия закрепилась, когда это прозвище перешло к детям, и со временем потеряла связь с первоначальным смыслом, оставив лишь звучание, которое сегодня кажется необычным и даже забавным.